A sua história remonta ao século seguinte ao da própria fundação da nação portuguesa, dado que foi criada a 1 de março 1290, quando o Rei D. Dinis I assinou em Leiria o documento Scientiae thesaurus mirabilis, o qual criou a própria universidade, que foi intermediada e foi confirmada pelo Papa. Fixada definitivamente em Coimbra em 1537, sete anos mais tarde todas as suas Faculdades se instalam no antigo Paço Real da Alcáçova (denominado Paço das Escolas após a sua aquisição pela Universidade de Coimbra em 1597). A bula do Papa Nicolau IV, datada de 9 de agosto de 1290, reconheceu o Estudo Geral, com as faculdades de Artes, Direito Canônico, Direito Civil e Medicina, reservando-se a Teologia aos conventos Dominicanos e Franciscanos. A universidade, inicialmente instalada na zona do atual Largo do Carmo, em Lisboa, foi transferida para Coimbra, para o Paço Real da Alcáçova, em 1308. Voltou em 1338 para Lisboa, onde permaneceu até 1354, ano em que regressou para Coimbra. Ficou nesta cidade até 1377 e voltou de novo para Lisboa neste ano. Permaneceu em Lisboa até 1537, data em que foi transferida definitivamente para Coimbra, por ordem de D. João III. Sete anos mais tarde todas as suas Faculdades se instalam no histórico Paço Real da Alcáçova. Data de 1597 a aquisição (a Dom Filipe I), pela Universidade de Coimbra, do Paço da Alcáçova, que a partir daí passou a designar-se Paço das Escolas (o centro histórico da Universidade). A universidade recebeu os seus primeiros estatutos em 1309, com o nome Charta magna privilegiorum. Os segundos estatutos foram outorgados no ano de 1431, durante o reinado de D. João I, com disposições sobre a frequência, exames, graus, propinas e ainda sobre o traje acadêmico. Já no reinado de D. Manuel I, em 1503, a Universidade recebeu os seus terceiros estatutos, desta vez com considerações sobre o reitor, disciplinas, salários dos mestres, provas acadêmicas e cerimônia do ato solene de doutoramento. Desde o reinado de D. Manuel I, todos os Reis de Portugal passaram a ter o título de «Protetores» da Universidade, podendo nomear os professores e emitir estatutos.
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